Yliopiston tunnuksen pohjana on taiteilija Juhani Vepsäläisen suunnittelema, vuonna 1992 hyväksytty yliopiston sinetti ja leima. Siinä Wasa-suvun lyhde esiintyy pyöreässä kentässä kolmen liekin kera. Lyhde esiintyy myös Vaasan kaupungin ja Pohjanmaan maakunnan tunnuksissa.
Vaasan yliopiston merkissä lyhde on sijoitettu neliönmuotoiseen, merelliseen viestilippuun. Lippu symboloi u-kirjainta. Näin yliopiston merkki yhdistää yliopiston omaan seutuun ja miljööseen samoin kuin yliopistojen maailmanlaajuiseen yhteisöön.
Merkki toimii yliopiston graafisen ilmeen perustana. Muut yliopiston graafisen ilmeen osatekijät saavat lähtökohtansa kampuksen valoisasta maisemasta ja suoraviivaisesta, silti samalla moni-ilmeisestä rakennuskannasta.
Yliopiston graafista ilmettä uudistettiin viimeksi keväällä 2006 yhdessä Taideteollisen Korkeakoulun visuaalisen kulttuurin osaston kanssa.
